本中心未來發展目標，將從溫泉永續保育階段再邁向『溫泉產業創新與永續利利用研發』目標，目前中心資源已具備充分之行政支援與配套措施，參與人員亦具備充分之技術研發素養及產學合作能力，未來將以既有之資源為發展基礎，進而結合學校資源應用於研發能量，推動產學合作。
後續將以成為全國唯一以溫泉為主題，橫跨環境生態、文化創意、資訊導覽、觀光休閒、妝品研發及食品科技等相關跨域整合特色產發展中心，有益於台灣溫泉相關產業值的大幅提昇與資源永續之利用與發展。
擬定五大規劃目標及願景包括：
- 研發溫泉資源保育技術，永續利用台灣溫泉資源。
- 輔導溫泉資源多元利用，重塑台灣溫泉品牌形象。
- 整合產官學界資源應用，強化溫泉產業價值鏈循環。
- 引導產業界投資，增加多元化產品及附加收益。
- 研發導入教學，培育跨領域之溫泉專業人才及提高學生就業率。